سید مرتضی سقائیان نژاد اصفهانی در بهمن ماه سال ۱۳۳۲ در خانواده ای مذهبی و متدین در محله جویباره اصفهان چشم به جهان گشود. پدر و مادر وی در سفر عتبات عالیات بودند که ایشان در شهر نجف اشرف و در خانه عالم زاهد آیت الله سید علی فانی از علمای بزرگ اصفهان که مقیم نجف اشرف بودند به دنیا آمد. پدر وی در ابتدا به کار کیش بافی یا پارچه بافی مشغول بود اما سال های بعد با ورود ماشین آلات نساجی و عدم توان رقابت با تکنولوژی جدید ورشکست شد و به دامپروری روی آورد. سید مرتضی از همان دوران کودکی در کنار پدر مشغول به کار شد و مشقت و سختی کار را تجربه کرد.( در آن روزها بنده از ساعت ۵ صبح بیدار می شدم و تا ساعت ۸ صبح به امور دامها رسیدگی می کردم و سپس به مدرسه می رفتم پس از بازگشت از مدرسه دوباره به امور دامها رسیدگی می کردم سپس بر سر درسم می رفتم، با وجود اینکه ده فرزند بودیم چون من بیشتر کارها را بلد بودم محوریت کارهای منزل برعهده ی بنده بود،در آن دوران زندگی بسیار سختی داشتم که همراه بود با کار در خانه و همچنین درس خواندن، حتی روزهای جمعه که هم کلاسی هایم به استراحت می پرداختند کار من در خانه چند برابر می شد. گرچه این روزها بسیار سخت بود اما مرا در برابر سختیها آب دیده و محکم کرد و باعث شد که در تمام دوران زندگیم در مقابل مشکلات محکم باشم و اینها را مرهون دوران کار و درس نوجوانیم می دانم و افتخار می کنم که به سختی کار می کردم.)

تحصیلات ابتدایی را در دبستان سپهر و دوران راهنمایی و دبیرستان را در مدرسه هاتف گذراند. پدر وی که از معتمدین محل محسوب میشد مسئولیت هیئت محل را نیز بر عهده داشت. خمیر مایه اعتقادی وی از همان دوران کودکی و نوجوانی و با شرکت در جلسات مذهبی شکل گرفت.( پدر بنده فردی مذهبی و مورد اعتماد مردم محل بود و منزل ما محل رفت و آمد مردم بود و همواره زندگی ما به رسیدگی امور مردم می گذشت. دوشنبه ها جلسه هیئت داشتیم و هر هفته آیت الله ادیب به منزل ما می آمدند. در این جلسات همه موضوعی مطرح میشد و مورد بحث قرار میگرفت. اصلا سنت این بود که هر روحانی هر هفته به یک خانه میرفت و ساعتی را شب میکرد و روضه می خواند)

سید مرتضی در کنار تحصیل و کار, از ورزش نیز غافل نبود و به طور مستمر به کنگفو, کشتی, ورزش های باستانی, فوتبال و دومیدانی می پرداخت. به منظور تکمیل زبان انگلیسی در ایام جوانی به صورت مداوم به انجمن ایران و آمریکا که در محل خیابان عباس آباد کنونی واقع بود میرفت و این مبنایی شد برای ادامه تحصیلات در خارج از کشور. به همین منظور در امتحانات اعزام دانشجو به خارج از کشور شرکت کرده و جزء پنج درصد قبولی ها از طریق وزارت علوم اعلام نهایی گردید. در سن ۱۹ سالگی راهی آمریکا شد و در ابتدا وارد دانشگاه کلرادو شد. سید مرتضی در آمریکا نیز در کنار تحصیل مجبور بود به تنهایی هزینه شخصی خود را تامین کند. (از ابتدا که رفتم آمریکا رفتم سر کار. اوایل تابستان بود. سه ماه تابستان را در آنجا کار کردم. نزدیک چهار هزار دلار درآمد پیدا کردم. امتحان تافل را هم دادم و وارد دانشگاه کلرادو شدم. در آن سه ماه خرج یکسال دانشگاه را تامین کردم. در کلرادو از دو بامداد تا پنج صبح روزنامه توزیع می کردم. توزیع چند خیابان را به عهده گرفتم و شب ها با یک موتور ۶۰۰ دلاری,یک روزنامه محلی شهر را خانه به خانه توزیع می کردم.) سید مرتضی در کنار تحصیل و کار از فعالیت های فرهنگی غافل نبود و در همان ایام جزء فعالین انجمن اسلامی دانشجویان آمریکا و کانادا بود. (با ۱۳٬۱۰ نفر شب های جمعه دعای کمیل داشتیم و صبح های یکشنبه هم که تعطیل بود آموزش قرآن داشتیم در دو سالی که کلرادو بودم تفسیر سه جزء قرآن را تمام کردیم.) بعد از دو سال به منظور حضور در محیط علمی قوی تر و بهره بردن از اساتید متخصص وارد دانشگاه کنتاکی شد. وی در تمام مدت تحصیل مشغول به کار های مختلفی از قبیل توزیع روزنامه, کار در رستوران و انبار داری بود تا بتواند هزینه های زندگی و تحصیل خود را فراهم کند. بعد از اخذ مدرک لیسانس بلافاصله وارد مقطع فوق لیسانس میشود. همزمان با قبولی در مقطع فوق لیسانس دیگر مجبور به کار در محیط بیرون از دانشگاه نبود و در همان دانشگاه برای امرار معاش به کارهای تخصصی در آزمایشگاه و یا به عنوان حل تمرین دروس مشغول شد. سید مرتضی در راستای فعالیت های فرهنگی و سیاسی انجمن اسلامی دانشجویان آمریکا و کانادا , هر هفته دو ساعت برنامه در کانال تلویزیونی محلی پخش می کرد. (تمام این فعالیت ها در جهت حمایت از انقلاب و مقابله با رژیم شاه بود. مکتب ماتریالیست هم خیلی فعال بود. اقلیت ها ، مثل چریک های فدایی خلق،فعال بودند. ما مرتباً درگیری های ایدئولوژیک داشتیم.)بعد از اخذ مدرک فوق لیسانس در سال ۱۳۵۶ به وطن مراجعت می کند. در ایران مدتی به استخدام شرکت نفت آبادان درآمد و بعد از آن در سازمان انرژی اتمی در تهران مشغول به کار شد اما چون محیط آنجا با روحیاتش سازگار نبود به شرکت ذوب آهن اصفهان می پیوندد و تا آخر بهمن ۵۶ در آنجا می ماند. سید مرتضی از تاریخ ۱۵ فروردین ۱۳۵۷ به عضویت هیئت علمی دانشگاه صنعتی اصفهان در می آیدو در همین سال ازدواج می کند. حاصل این ازدواج ۶ فرزند می باشد. او درباره محیط دانشگاه اینگونه توضیح می دهد: (این جا دیگر محیط کاملاً باز بود هم برای مطالعات علمی و هم برای کار سیاسی. کم کم دانشگاه ها به سمت تعطیلی و اعتصاب رفت. به واسطه تعطیلی دانشگاه ها فعالیت های ما بیشتر در شهر بود. بیشتر هم با آیت الله یزدی در قم مرتبط بودیم.دو ماه مانده به انقلاب بود. ما همه کارها را در منزل می کردیم. دستگاه تکثیر و جلسات، اینها در منزل ما بود. به واسطه اتفاقی که در محل افتاد به منزل ما حمله کردند و پدر , من و برادرم را بازداشت کردند. خوشبختانه یک هفته زود تر خانه را از اعلامیه ها و دستگاه چاپ تخلیه کرده بودیم. پدر و برادرم را آزاد کردند اما مرا نگه داشتند. در عین حال افسر وظیفه بودم و طرح سربازی را در دانشگاه می گذراندم.در مدتی که در زندان بودم اینقدر پراکندگی بود که دانشگاه از بازداشت من مطلع نشد در بندی در زندان دستگرد که ظرفیتش ۶۰ نفر بود , ۱۴۰ نفر را گنجانده بودند.در بند ما همه مدلی بود. قاچاقچی و اعدامی. در تمام این ۲۵ سال هیچ وقت این گونه بر جان خودم نگران نشده بودم. شب های اول در داخل بند نخوابیدم. خیلی می ترسیدم و بعد که ارتباطات بسیار نزدیکی پیدا کردیم, زندان امن ترین مکان بود. بعد نماز جماعت را هم برقرار کردیم تا این اواخر که با فشار مردم و روحانیت به سرپرستی آیت الله خادمی آزاد شدیم.)

با پیروزی انقلاب اسلامی و در سال ۱۳۵۸ و همزمان با انقلاب فرهنگی و به تبع آن تعطیلی دانشگاه ها در جهاد دانشگاهی به فعالیت مشغول شد و مسئولیت کمیته برق جهاد دانشگاهی را تا اوایل سال ۱۳۶۰ برعهده گرفت. شروع کار اجرایی وی را باید از این سال قلمداد کرد. بعد از آن به سمت معاونت اداری و مالی دانشگاه صنعتی منصوب می شود. یک سال بعد با توجه به شرایط خاص دانشگاه اصفهان با حکم وزیر فرهنگ و آموزش عالی, محمد علی نجفی, و همزمان با اینکه عضو هیئت علمی دانشگاه صنعتی اصفهان بود, به سمت ریاست دانشگاه اصفهان و علوم پزشکی در می آید. یعنی جوان ترین رئیس دانشگاه در تاریخ ایران. خیلی از اساتید و حتی دانشجویان از نظر سنی از او بزرگتر بودند. این سال همزمان است با تغییر و تحولات بنیادین در دانشگاه ها و جوّ بسیار ملتهب و پرفشار آن روزهای جامعه. (من خودم به هیچ وجه قصد پذیرفتن آن را نداشتم. جوّ بسیار سیاست زده ای داشت. رؤسای قبلی هر کدام شش ماه یا هشت ماه ریاست کرده بودند. دکتر توسلی که از یاران دکتر شریعتی بود و از پاریس آمد هشت ماه طاقت آورد و مشکلات داخلی دانشگاه باعث شد که ایشان کارش را ترک کند. چون داخل دانشگاه دعوا بود و در دانشگاه سازمان اسلامی دانشجویان فعال بود و بسیاری از مسئولین فعلی هم عضو آن بودند. محیط بسیار پیچیده ای داشت. اول قبول نکردم ولی بعد استخاره کردم. آیه ای آمد که: “ای پیامبر خدا برای تو کافی است و آنهایی که از تو پیروی می کنند” و قبول کردم. به یاری خدا همه کارها به سامان رسید و در مدت ۴ سالی که مسئولیت دانشگاه اصفهان و علوم پزشکی را به عهده داشتم نظم و آرامش در شان یک مجموعه علمی بر دانشگاه حاکم گردید.)

در سال ۱۳۶۴ برای ادامه تحصیلات در مقطع دکتری مجددا عازم آمریکا شد و توانست در مدت ۳/۵ سال مدرک دکتری خود را در رشته مهندسی برق – گرایش ماشین های الکتریکی – از دانشگاه ایالتی کنتاکی دریافت کند. دکتر سقائیان نژاد در سال ۱۳۶۸ به وطن بر میگردد و بعد از چند ماه در مهرماه سال ۶۸ به ریاست دانشگاه صنعتی اصفهان منصوب می گردد. در طول مدت ۸/۵ سال ریاست ایشان بر دانشگاه صنعتی اصفهان, تحولات عظیمی در جنبه های مختلف علمی, تحقیقاتی, عمرانی و غیره رخ داد و حقیقتاً این دانشگاه دوران اوج شکوفایی و پیشرفت خود را در این دوران تجربه کرد.

در سال ۱۳۷۰ و با همت تنی چند از دوستان و همفکرانش, جامعه اسلامی مهندسین استان اصفهان را بنا نهاد و از آن زمان تا کنون دبیر این تشکل فرهنگی – سیاسی می باشد. همچنین ایشان به مدت ۱۰ سال مسئولیت گروه زبان دان های آفریقای سیاه بعثه مقام معظم رهبری را به عنوان مبلغ بر عهده داشت.

در دی ماه سال ۱۳۷۶ و بعد از گذشت بیش از ۸/۵ سال و با روی کار آمدن دولت اصلاحات از ریاست دانشگاه بر کنار می شود. با اتمام دوران ریاست, ایشان تمرکز و توجه خود را بیش از پیش بر روی فعالیت های علمی و تحقیقاتی در محیط دانشکده معطوف می نماید.

در سال ۱۳۸۰ از طریق خیریه همدانیان ،ریاست هیات مدیره کارخانه سیمان اصفهان را به عهده می گیرد.

دکتر سقائیان در سال ۱۳۸۲ و بعد از انتخابات دومین دوره شورای اسلامی شهر به عنوان شهردار اصفهان انتخاب می گردد. از همان ابتدای کار رویکرد اصلی ایشان کاهش دیواربلند بی اعتمادی بین مردم و مسئولین بود که بعد از گذشت نزدیک به ۱۰ سال این دیوار کوتاه و کوتاه تر شده است. گواه این امر تلاش شبانه روزی و خدمات بی نظیر عمرانی, فرهنگی, اجتماعی, خدماتی و غیره با حمایت ها و پشتیبانی های مردمی است. افتتاح پروژه های عمرانی متعدد از قبیل احیای میدان امام علی (ع), بزرگراه دو طبقه امام خمینی (اولین بزرگراه دو طبقه کشور), سالن های اجلاس سران کشورهای غیر متعهد, اتوبان ها و تقاطع های غیر همسطح و غیره در کنار فعالیت های فرهنگی از قبیل انتخاب اصفهان به عنوان پایتخت فرهنگی جهان اسلام, برگزاری سالانه جشنواره فیلم های کودکان و نوجوانان, عقد قراردادهای خواهر خواندگی, احداث فرهنگسرا ها و سالن های متعدد ورزشی و . . . همه و همه نشان از حجم وسیع و در عین حال متوازن از خدمات شهرداری در این مدت دارد.

دکتر سقائیان نژاد در سال ۱۳۸۶ به عنوان چهره ماندگار استان اصفهان معرفی شد. ایشان در کنار فعالیت های شبانه روزی در شهرداری صاحب کرسی استادی دانشگاه نیز می باشد. کلاس های درسی ایشان به طور منظم و دو روز در هفته برگزار می شود. حاصل فعالیت های علمی ایشان در دانشگاه هدایت پروژه های کارشناسی ارشد و دکتری دانشجویان, تالیف حدود ۷۰ مقاله در مجلات معتبر علمی خارجی و داخلی و ترجمه چهار جلد کتاب در زمینه ماشین های الکتریکی می باشد. کتاب ترجمه ای ایشان در سال ۱۳۸۹ با عنوان “درایو های موتور سوئیچ رلکتانس” توانست عنوان کتاب “شایسته تقدیر” را در چهاردهمین دوره جایزه کتاب فصل جمهوری اسلامی ایران – از طرف وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی – از آن خود کند. همچنین ایشان به عنوان رئیس هجدهمین کنفرانس مهندسی برق ایران در سال ۱۳۸۸ فعالیت کردند. ایشان از سال ۱۳۸۲ تا کنون به عنوان عضو هیئت امنای دانشگاه های اصفهان و صنعتی اصفهان می باشند. دکتر سقائیان نژاد عضو انجمن مهندسان برق و الکترونیک (IEEE) می باشد. همچنین ایشان عضو هیئت تحریریه مجله علمی استقلال هستند.

همسر ایشان خانم دکتر مرضیه محنت اصفهانی داری مدرک دکتری در رشته داروسازی می باشند و فرزندان ایشان نیز همگی دارای تحصیلات عالیه می باشند.